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大豆 355K SNP芯片

来自 : 发布时间：2024-05-03

提供商：	北京博奥晶典生物技术有限公司

大豆是重要的粮食和油料作物。SNP是第三代分子遗传标记，SNP芯片具有价格低、通量高、分析简单等特点，是分子育种领域的重要工具。南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/国家大豆改良中心与博奥晶典生物技术有限公司合作，运用Affymetrix® Axiom平台联合开发了大豆 355KﾠSNP芯片。该芯片具有高密度、低成本、全覆盖、多用途的特点，可以应用于大豆种质资源基因型鉴定、品种鉴定、遗传多样性分析、大豆农艺性状的全基因组关联分析（GWAS）研究、功能基因/QTL定位与克隆、大豆分子设计育种（分子标记辅助选择、全基因组选择育种等）等。

$\"\"$ 产品优势
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$\"\"$ 产品参数

全基因组范围覆盖

355,595个SNP位点从600多万个SNP筛选获得

标记分布均匀

标记均匀覆盖大豆20条染色体，93.6% SNP标记间隔小于9 Kb，标记间的平均物理距离为3.3 Kb

$\"\"$ 数据结果展示

群体结构分析和L D 衰减分析

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人工选择信号分析

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G W A S 分析

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$\"\"$ 应用案例

大豆粒重性状GWAS研究

研究背景

大豆的驯化是在人类致力于开发高产品系的强烈的定向选择下形成。追溯大豆的驯化历史、鉴定驯化相关基因需要进一步研究。本文开发了一个高通量大豆ﾠ355KﾠSNP芯片，并利用这一芯片来研究367个大豆品系的遗传变异模式，包括105个野生型和262个栽培品系。群体遗传分析表明，栽培大豆可能起源于中国北部和中部，传播到其它区域，在此过程中伴随着粒重的逐渐增加。对大豆进行全基因组范围的人工选择检测，发现了选择性清除的信号，包括调控驯化相关农艺性状（如粒重）的基因。为了进一步鉴定粒重相关基因，对多个环境下的野生和栽培大豆进行了全基因组关联研究。发现在20号染色体上的一个强连锁不平衡区域与栽培大豆的粒重显著相关。综上，这些发现将为大豆基因组育种提供重要基础，并促进大豆功能基因组研究。
Sci Rep. 2016 Feb 9;6:20728. 影响因子：5.228

研究路线

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$\"\"$ 经典参考文献
Wang， Jet al. Development and application of a novel genome-wide SNP array reveals domestication history in soybean.Sci Rep.2016 Feb9;6:20728.

本文链接： http://affymetrix.immuno-online.com/view-1466159700.html

发布于： 2024-05-03 阅读（）

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